Ngày 21 tháng 7 năm 1542, Giáo hoàng Phaolô III công bố Tông Hiến Licet ab initio, thiết lập Thánh Bộ Tòa án Dị giáo Tối cao của Rôma và Hoàn vũ. Các viên chức gồm các hồng y và các giao sĩ có nhiệm vụ "duy trì và bảo vệ sự toàn vẹn của đức tin, kiểm tra và chống lại các học thuyết sai trái". Nó được coi là tòa án tối cao xét xử các vụ việc mà giáo hội cho là dị giáo và là một phần quan trọng của Phong trào chống cải cách. Năm 1904, Giáo hoàng Piô X đổi tên cơ quan này thành Thánh bộ Nhiệm Thánh Tối cao. Tại nhiều quốc gia có truyền thống Công giáo, người ta gọi đơn giản là Thánh Bộ.

Đến ngày 7 tháng 12 năm 1965, khi bế mạc Công đồng Vatican II, cơ quan này được đổi tên thành Thánh bộ Giáo lý Đức tin. Từ năm 1983, khi Bộ Giáo Luật ra đời và có hiệu lực thì chữ "Thánh" đã bị loại bỏ trong tên của tất cả các bộ thuộc Giáo triều Rôma và do đó, Thánh bộ Giáo lý Đức tin ngày nay có tên là Bộ Giáo lý Đức tin.